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李贵鹏

研究助理教授

南方科技大学慧园4栋309室
ligp@sustc.edu.cn

研究领域:

李贵鹏博士的主要研究领域为生物信息学和计算生物学;着重于使用机器学习、统计理论、优化算法等数理方法来系统地定量研究生物问题,并设计和开发相应的分析方法和工具。目前主要研究兴趣为基于多组学高通量测序技术的表观遗传学研究、单细胞组学研究、基因(后)转录调控研究和三维基因组构象研究。

工作经历:

2017.10~至今,南方科技大学,前沿与交叉科学研究院,研究助理教授

2017.07~2017.10,南方科技大学,生物系,高级研究学者

 

学习经历:

2017年 清华大学自动化系 博士

2015年~2016年,斯坦福大学遗传系 访问

2012年 华南理工大学数学系 学士

 

代表文章:

  1. Chen, F., Li, G., Zhang, M. Q., & Chen, Y. (2018). HiCDB: a sensitive and robust method for detecting contact domain boundaries. Nucleic Acids Research, 62795578(15), 1–12. (co-first author)
  2. Li, Guipeng ; Chen, Yang; Snyder, Michael P.; Zhang, Michael Q. ChIA-PET2: a versatile and flexible pipeline for ChIA-PET data analysis, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2017.1.9 45(1)
  3. He Chao; Li Guipeng; Nadhir Diekidel M.; Chen Yang; Wang Xiaowo; Zhang Michael Q. Advances in computational ChIA-PET data analysis, Quantitative Biology, 2016.9.9 4(3): 217~225
  4. Liang Zhengyu,Li Guipeng,Wang Zejun,Djekidel Mohamed Nadhir,Li Yanjian,Qian Min-Ping,Zhang Michael Q.,Chen Yang, BL-Hi-C is an efficient and sensitive approach for capturing structural and regulatory chromatin interactions, Nature Communications, 2017.11.20 8(1)
  5. Djekidel, Mohamed Nadhir; Liang, Zhengyu; Wang, Qi; Hu, Zhirui; Li, Guipeng; Chen, Yang; Zhang, Michael Q., 3CPET: finding co-factor complexes, from ChIA-PET data using a hierarchical Dirichlet process, GENOME BIOLOGY,2015.12.22 16
  6. Li, Y., He, Y., Liang, Z., Wang, Y., Chen, F., Djekidel, M. N., … Chen, Y. (2018). Alterations of specific chromatin conformation affect ATRA-induced leukemia cell differentiation. Cell Death and Disease. https://doi.org/10.1038/s41419-017-0173-6

 

联系方式:

深圳市南山区西丽学苑大道1088号南方科技大学慧园4栋309室

邮编:518055

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