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靳文菲

副教授

jinwf@sustc.edu.cn
第一科研楼206

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个人简介
        靳文菲博士现为南方科技大学生物系副教授和国家青年千人专家(2017)。靳文菲长期从事群体遗传学和精准医学相关研究,通过开发基因组和表观基因组等高通量实验和计算方法,进行复杂性状的基因定位, 染色质远距离互作调控, 人群遗传结构和单细胞测序等研究。共发表论文和图书章节20多篇,总引用近700次(Google scholar)。靳文菲博士2006年毕业于郑州大学,2012年1月在中科院上海生科院金力院士和徐书华研究员指导下获得计算生物学博士,毕业后留所做助理研究员。2013年1月加入美国国立卫生研究院(NIH)赵可吉博士课题组从事博士后研究。2017年入选国家“千人计划”青年项目并加入南方科技大学生物系。主要成果包括:【1】开发了单细胞DNase测序(Jin, et al. 2015 Nature), 该技术将为个性化医疗提供关键基因调控信息; 【2】长期系统的群体遗传学研究,对人群混合和遗传疾病基因研究有独特贡献(Jin et al, 2012 Genome Res; Jin et al, 2012 AJHG; Jin et al, 2012 HMG; Jin, et al. 2014 EJHG)。

 

研究领域
1)发展单细胞表观遗传学测序技术研究生物发育和组织病变;
2)利用全基因组测序数据鉴定癌症的遗传突变和表观遗传变化,揭示发病机理;
3)利用多种组学数据建立疾病风险模型,预测疾病风险和最佳治疗方案,为精准医疗提供指导。

 

工作经历

2017至今      南方科技大学生物系 副教授
2013
– 2017年 美国国立卫生研究院 (NIH) 博士后研究员 合作导师:赵可吉博士
2011
– 2012年 中科院上海生科院 助理研究员

 

学习经历
2006年- 2012年  中科院上海生科院计算生物学 博士  导师: 金力院士和徐书华研究员
2006年- 2006年 中科院上海生科院生化细胞所 毕业实习  指导老师: 刘默芳研究员和王恩多院士
2001年- 2006年   郑州大学 本科

 

所获荣誉
2017 “国家青年千人计划”入选者(第十三批)
2017 美国国立卫生研究院中国学者联谊会卓越科学家奖(Distinguished Scientist Award, NIH-CSSA)
2016 美国国立心肺血液所Orloff创新奖(Orloff Innovation Awards, NHLBI)
2016 美国国立卫生研究院优秀科研奖(Fellows Award for Research Excellence, NIH)
2014 施普林格博士论文(Springer Theses,Springer)
2013 中国科学院优秀博士论文
2012 礼来联合优秀博士论文(SIBS-Eli Lilly Outstanding Graduate Thesis, Eli Lilly)
2012 中科院计算生物所第一作者奖
2012 中国科学院研究生院优秀毕业生
2011 国际人类遗传学会和美国人类遗传学会旅行 奖 (ICHG/ASHG Travel Award)
2011 中科院上海生科院辉瑞奖学金
2010 中国科学院地奥奖学金

 

代表文章: (#equal contribution)

[1] Jin W, Tang Q, Wangsa D, Cui K, Ried T and Zhao K. TrAC-looping reveals extensive reorganization of enhancer-promoter interaction during T cell activation. Cell (Under review)

[2] Ren G#, Jin W#, Cui K#, Rodrigez J, Larson D and Zhao K. 2017 CTCF-mediated enhancer-promoter interaction is a critical regulator of cell-to-cell variation of gene expression. Mol Cell. (In press)
[3] Jin W#, Tang Q#, Wan M, Cui K, Zhang Y, Ren G, Ni B, Sklar J, Przytycka T, Childs R, Levens D, Zhao K. 2015. Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples. Nature. 528:142-146
[4] Kraushaar DC#, Jin W#, Maunakea A, Abraham B, Ha M, Zhao K. 2013. Genome-wide incorporation dynamics reveal distinct categories of turnover for the histone variant H3.3. Genome Biol. 14:R121.
[5] Jin W#, Li R#, Zhou Y, Xu S. 2014. Distribution of ancestral chromosomal segments in admixed genomes and its implications for inferring population history and admixture mapping. Euro J Hum Genet. 22:930-937.
[6] Wang E#, Jin W#, Duan W#, Qiao B, Sun S, Huang G, Shi K, Jin L, Wang H. 2013. Association of two variants in SMAD7 with the risk of congenital heart disease in the Han Chinese population. PloS ONE. 8:e72423.
[7] Jin W, Xu S, Wang H, Yu Y, Shen Y, Wu B, Jin L. 2012. Genome-wide detection of natural selection in African Americans pre- and post-admixture. Genome Res. 22:519-527.
[8] Jin W, Wang S, Wang H, Jin L, Xu S. 2012. Exploring population admixture dynamics via empirical and simulated genome-wide distribution of ancestral chromosomal segments. Am J Hum Genet. 91:849-862.
[9] Jin W, Qin P, Lou H, Jin L, Xu S. 2012. A systematic characterization of genes underlying both complex and Mendelian diseases. Hum Mol Genet. 21: 1611-1624.
[10] Xu S, Jin W, Jin L. 2009. Haplotype sharing analysis showing Uyghurs are unlikely genetic donors. Mol Biol Evol. 26: 2197-2206.
图书和图书章节
[1] Jin W. 2015. Admixture Dynamics, Natural Selection and Diseases in Admixed Populations. ISBN 978-94-017-7406-2. 114 Pages. Springer
[2] Xu S, Jin W. 2012. Population Genetics in the Genomic Era. Studies in Population Genetics, M. Carmen Fusté (Ed.). ISBN 978-953-51-0588-6. Intech.

 

联系方式

深圳市南山区西丽学苑大道1088号南方科技大学第一科研楼206
邮编:518055
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